L'histoire se déroule plusieurs centaines d'années après les évènements des épisodes Ocarina of Time et Majora's Mask. L'ancien royaume d'Hyrule a été englouti sous les eaux et n'est plus à présent qu'un vaste océan parsemé d'îles. Sur l'une d'elles, l'île de l'Aurore, vit Link, un jeune garçon qui vient d'avoir 12 ans.

C'est un jour particulier pour lui, car d'après la tradition chaque garçon doit s'habiller d'une tunique et d'un bonnet vert le jour de ses 12 ans, en l'honneur du Héros du Temps qui vainquit le Prince des Ténèbres il y a des siècles (le Link des jeux Ocarina of Time et de Majora's Mask).

Difficile de retenir son émotion lorsque la petite sœur de Link se fait capturer par un oiseau géant sous ses propres yeux. S'embarquant dans un voyage épique pour la retrouver, Link dénoue un grand mystère et apprend à apprivoiser la force du vent pour propulser son voilier d'île en île. Encore une fois, vous devrez combattre des ennemis redoutables afin de sauver votre sœur, mais aussi le nouveau royaume d'Hyrule...

La toute première aventure de Link sur Nintendo GameCube accorde autant d'importance aux voyages sur les mers que sur la terre ferme. The Wind Waker est un chef d'œuvre.

A l'inverse d'un Ocarina of Time, le jeu ne maintient pas autant ce souffle épique digne du petit elfe, mais sait trouver tout de même sa voix dans son côté attachant et rempli de nouveautés.