Après leur aventure survenue quelques mois auparavant, Link, Tetra et toute l'équipe pirates sont partis au gré du vent, sur leur fidèle bateau, vers un nouvel horizon. Au gré des vagues, ils se dirigent vers un gigantesque manteau de brume, un navire abandonné mouille au milieu de l'épaisse couche de brouillard... Tetra, décide d'aller explorer le navire, mais elle n'avait pas prévu que l'exercice serait si éprouvant et se met en danger...

Link tente alors de la sauver mais ses efforts sont malheureusement futiles, il se noie dans l'océan brumeux... À son réveil, il se retrouve sur une plage. Une petite fée nommée Ciela lui offre ses services pour retrouver le reste de son équipe disparue. Et avec l'aide du marin Linebeck, Link se retrouve encore une fois sur la mer pour une autre aventure.

L'utilisation du jeu est essentiellement basée sur l'écran tactile de la console ainsi que sur ses deux écrans qui permettent d'afficher des cartes, de les annoter, de planifier des déplacements, de résoudre des énigmes, de lancer des objets (le boomerang par exemple), prédessiner la route d'un bateau, dessiner des symboles qui permettent d'ouvrir une porte...

Beaucoup de personnages seront présents pour vous aider dans votre quête.