L'arbre Mojo (l'esprit protecteur de la forêt) convie Link, un enfant de la forêt, pour lui parler. Il lui explique que ses origines ne sont pas dans la forêt, comme les autres enfants qui peuplent celle-ci (kokiris), et qu'il a une quête à accomplir : sauver Hyrule d'un vil cavalier du désert (Ganondorf) qui désire s'emparer de la Triforce.

C'est alors que commence sa quête. Il reçoit de l'arbre Mojo la pierre ancestrale de la forêt, qu'il doit remettre à la princesse d'Hyrule, Zelda. Celle-ci lui demande de ramener deux autres pierres qui permettront de desceller la porte du temple du temps à l'aide de l'ocarina du temps. Derrière cette porte, repose l'épée de Légende qui fera de Link, projeté dans le temps grâce à elle et équipé de l'ocarina, le héros du temps.

Outre le fait que le scénario prend place dans deux périodes de temps bien distinctes, pendant lesquelles Link est d'abord enfant puis devient adulte, le joueur évolue dans un monde gigantesque modifié par le cycle du jour et de la nuit. Des ennemis différents apparaissent selon le moment de la journée; de plus, certaines actions importantes sont possibles seulement le jour, d'autres seulement la nuit.

On note enfin que la musique (le thème de la plaine d'Hyrule par exemple) évolue selon le moment de la journée, mais de manière progressive, sans transition brutale.