Hyrule tombe en ruines, déstabilisée par les alliés de Ganon disparu. Ceux-ci recherchent Link, car son sang versé sur les cendres du corps de Ganon permettraient sa résurrection.

Un jour, les armoiries du royaume s'inscrivent au creux de la main de Link lors de son seizième anniversaire. Impa, la nourrice de Zelda, fut attirée par ce présage et l'emmena au Château du Nord. Après avoir traversé un passage secret de sa connaissance, elle lui révéla la Légende de Zelda.

Au début de l'histoire du royaume, le roi d'Hyrule assurait son pouvoir par la Triforce. À sa mort, le prince héritier ne reçut qu'une part de celle-ci, et échoua dans sa quête des deux autres parties. Un magicien lui révèla que la Princesse Zelda connaissait le lieu où reposait le reste de la Triforce. Celle-ci refusant de lui révéler le secret, le magicien lui asséna un sortilège qui l'enfonça dans un profond sommeil.

Le prince, rempli de chagrin, emmena la princesse Zelda dans la salle où se trouvent Link et Impa, en espérant qu'elle puisse se réveiller un jour. Pour que personne n'oublie cette tragédie, il ordonna que toutes les filles qui naîtraient au château portent le nom de Zelda.

Impa donne alors à Link un parchemin et six cristaux. Link regarda le parchemin et bien qu'il n'ait jamais vu les symboles qui étaient écrits auparavant, il put les lire. Link part en quête, accompagné de son Épée de Légende et de son Bouclier magique. De leur côté, les comparses de Ganon commencent à travailler à la renaissance de leur maître...